Ndërkohë që Shqipëria po përgatitet për hapjen e negociatave për anëtarësim në Bashkimin Europian, rritet nevoja e një informimi të thelluar dhe përgatitjeje të grupeve të cilat preken drejtpërdrejtë nga ky proces. Akademia e Integrimit Europian dhe Negociatave synon të kontribuojë në përgatitjen e një Shqipërie Europiane, të bazuar në parimet e respektimit të shtetit të së drejtës, të drejtave të njeriut, lirisë, sipërmarrjes së lirë ekonomike, solidaritetit dhe pjesëmarrjes qytetare, nëpërmjet edukimit, përgatitjes, trajnimin dhe rritjen e kapaciteteve të përfaqësuesve të sektorëve të ndryshëm dhe qytetarëve të përfshirë dhe prekur nga reformat dhe procesi i Integrimit Europian të Shqipërisë.
Në përmbushjen e misionit dhe qëllimeve të saj AIEN do të punojë veçanërisht në disa drejtime për:
Rritjen e ndërgjegjësimit të publikut shqiptar për vlerat Europiane, parimet e ndërtimit të Bashkimit Europian dhe rolin shumëdimensional të Europës në procesin e globalizmit dhe përballimit të krizave;
Mbështetjen e procesit vazhdueshëm të integrimit të europian të Republikës së Shqipërisë dhe vizionin e një Shqipërie Europiane;
Identifikimin dhe promovimin e interesave të Republikës së Shqipërisë në procesin integrues, duke konsideruar sfidat dhe përmbushjen e detyrimeve;
Analizimin objektiv dhe analitik te politikave të hartuara dhe/ose zbatuara, për sektorë te ndryshëm ekonomike dhe sociale duke i krahasuar me politikat respektive Europiane;
Përgatitjen e studimeve ekonomike, sociale dhe ligjore ne funksion te promovimit të një ekonomie tregu funksionale dhe sundimit të shtetit të së drejtës;
Inkurajimin e mirëkuptimit, njohjeve të ndërsjella, diversitetit dhe komunikimit të lirë midis njerëzve, komuniteteve, organizatave dhe grupeve në nevojë, në krijimin e një platforme dialogu për të ardhmen e Shqipërisë në hapësirën Europiane;
Rritjen e transparencës dhe llogaridhënies institucionale të strukturave të përfshira në procesin e aderimit;
Forcimin e kapaciteteve të sektorëve të ndryshëm në vend për zhvillimin e politikave të integrimit europian të vendit mbështetur në kriteret për anëtarësim në BE të Kopenhagen-it dhe kapitujve të negociatave për anëtarësim;
Zhvillimin e shoqërisë civile, të aftë dhe të përgatitur për të tu përballur me sfidat që Shqipëria do të ketë në Integrimin Europian dhe përfshirjen e saj në realizimin e vizionit "Europa e Qytetarëve"
Ngritjen e një “Rrjeti Profesionistësh e Ekspertësh” për anëtarësimin në Bashkimin Europian;
Forcimin e kohezionit dhe ndërlidhjes mes ekspertëve, profesionistëve, qytetarëve për përballimin e çështjeve të vështira mbi integrimin për të arritur një sukses të përbashkët;
Inkurajimin e fqinjësisë së mirë dhe bashkëpunimit rajonal bazuar në aspiratat e përbashkëta Europiane;
Zhvillimin e dialogut ndër-kufitar mbi çështje që kanë të bëjnë me të ardhmen e rajonit;